คณะวิทยาศาสตร์เริ่มก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2520 โดยเป็นส่วนหนึ่งของคณะครุศาสตร์อุตสาหกรรม และ วิทยาศาสตร์ ดำเนินการสอนวิชาพื้นฐานทางวิทยาศาสตร์ และ คณิตศาสตร์ ให้กับนักศึกษาระดับปริญญาตรีทุกหลักสูตรในสถาบันฯ
ในปีการศึกษา 2525 ได้เปิดรับนักศึกษาระดับปริญญาตรีเป็นรุ่นแรก ในหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิตสาขาเคมีอุตสาหกรรม, ฟิสิกส์ประยุกต์ และ สถิติประยุกต์ และในปีการศึกษา 2527 และปีการศึกษา 2528 ได้เปิดรับนักศึกษาระดับปริญญาตรีสาขาคณิตศาสตร์ประยุกต์และสาขาเทคโนโลยีชีวภาพ
จากการขยายภาระหน้าที่ความรับผิดชอบ จึงได้มีพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งคณะวิทยาศาสตร์ขึ้น เมื่อวันที่ 8 ธันวาคม 2531 และได้ขยายการผลิตบัณฑิตระดับปริญญาตรีในสาขาอื่นๆ รวมทั้งเปิดรับนักศึกษาระดับปริญญาโทและปริญญาเอกอีกด้วย
สถาบันฯ มีฐานะเป็นหน่วยงานในกำกับของรัฐ ซึ่งไม่เป็นส่วนราชการตามกฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน กฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ และกฎหมายว่าด้วยการปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม และไม่เป็นรัฐวิสาหกิจตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณ และกฎหมายอื่น ตามพระราชบัญญัติสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าเจ้าคุณทหารลาดกระบัง พ.ศ. 2551
มีการจัดตั้งส่วนงานในสถาบันตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา วันที่ 14 กรกฎาคม พ.ศ. 2551 และส่วนงานวิชาการระดับคณะ โดยมีการแบ่งหน่วยงานภายในตามประกาศสถาบัน พ.ศ. 2552 ดังนี้
1. ส่วนสนับสนุนวิชาการ
2. ส่วนวิชาการ ประกอบด้วย
- สาขาวิชาคณิตศาสตร์
- สาขาวิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์
- สาขาวิชาเคมี
- สาขาวิชาชีววิทยา
- สาขาวิชาฟิสิกส์
- สาขาวิชาสถิติ
- ศูนย์เครื่องมือวิทยาศาสตร์